مدیریت و دفع لجن پکیج تصفیه فاضلاب فرایندی چندمرحله‌ای است که از نمونه‌برداری و اندازه‌گیری حجم و کیفیت لجن آغاز می‌شود و تا تغلیظ، آبگیری، حمل و تحویل به مقصد مجاز ادامه دارد. لجن مازاد باید پیش از ایجاد بو، شناورسازی و افت راندمان از سیستم خارج شود؛ زیرا در صورت مدیریت‌نشدن به منبع گرفتگی و هزینه‌های ناگهانی تبدیل می‌شود. لجن شامل میکروارگانیسم‌ها، مواد آلی ته‌نشین‌شده، ذرات معدنی و آب است و در پکیج‌های هوازی عمدتاً «لجن زیستی» محسوب می‌شود که باید در محدوده مشخص باقی بماند. پرشدن مخزن با کدر شدن پساب، کف قهوه‌ای پایدار، افزایش بو و بالا رفتن سطح لجن تشخیص داده می‌شود. برای کاهش حجم حمل، ابتدا تغلیظ انجام و سپس آبگیری با فیلترپرس، سانتریفیوژ، اسکروپرس یا بستر خشک‌کن صورت می‌گیرد و محصول نهایی به‌صورت بسته و با رسید تحویل می‌شود. هزینه دفع به درصد مواد جامد، فاصله حمل، نوع آلودگی، تعداد دفعات برداشت و مصرف پلیمر و آزمایش‌های لازم وابسته است و حمل‌کننده باید مجوز، خودرو مناسب و مدارک پذیرش مقصد را ارائه کند.
